[Spirosgr]

Λοιπόν...
Πρώτα δες αν έχεις σωστά τα paths.

Μετά πάμε στην ρουτίνα CreateWRDFiles
Πάμε στο σημείο:

For i = iStartRow To lgLRow

και διέγραψε το όλο, μέχρι και το:

Next i

Στην θέση του βάλε:

    For i = iStartRow To lgLRow
        xlPath = ThisWorkbook.Path & "\" & Sh1.Cells(i, iCol).Value & ".docx"
        If Dir(xlPath) <> "" Then GoTo cnt_Here:
        With wDoc
        On Error GoTo AbandonShip:
            wDoc.SaveAs Filename:=xlPath
        End With
cnt_Here:
    Next i

Από τώρα και στο εξής θα παραβλέπει ό,τι έχει δημιουργηθεί
και θα δημιουργεί μόνο τα νέα ονόματα.
Εννοείται δεν θα πειράζει και όποιες αλλαγές έγιναν στα παλιά...